Vi sinh vật có thể có ích hoặc có hại cho con người,úpđánhgiásựantoànkiểmsoátvikhuẩnEcolivàColiformtrongchuỗithựcphẩtỷ số 24 giờ việc xác định vai trò và sự hiện diện của chúng trong thực phẩm sử dụng hằng ngày là vô cùng quan trọng. Đến nay thế giới ghi nhận 250 loại bệnh thực phẩm hầu hết là do vi trùng, virus, hay ký sinh trùng…
Các bệnh do thực phẩm bị nhiễm khuẩn và nhiễm độc là gánh nặng về kinh tế xã hội tại nhiều quốc gia và cả hệ thống y tế tại mỗi nước. Đầu tiên, xét đến các nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm có thể là do chính bản thân nguyên liệu đầu đã bị nhiễm vi sinh vật từ đất, nước, không khí, dây chuyền sản xuất hoặc trong quá trình vận chuyển. Hoặc quá trình chế biến nguyên liệu đầu vào thiếu vệ sinh, vệ sinh cá nhân của công nhân không đảm bảo. Hoặc quá trình chế biến không kỹ, ăn thức ăn sống cũng bị nhiễm vi sinh vật, gây ngộ độc.